Заслуги Александра Агафонова в развитии российско-гвинейского научно-технического сотрудничества в области изучения эпидемиологии, профилактики, мониторинга бактериальных и вирусных инфекций в Гвинейской Республике отмечены высокой государственной наградой – медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.

За особые заслуги при разработке и внедрении инновационных методов диагностики инфекционного заболевания COVID-19 Агафонов А.П. награжден орденом Пирогова.